Медицинская деятельность Сибирской пожарно-спасательной академии ГПС МЧС России осуществляется на основании лицензии, выданной Федеральной службой по надзору в сфере здравоохранения, № ФС-78-01-002802 от 20 июня 2013 года. Медицинская часть Академии представлена поликлиникой с лазаретом на 15 коек. Врачами поликлиники проводится амбулаторный прием по следующим направлениям: терапия, хирургия, стоматология, отоларингология, неврология, дерматовенерология, гинекология. Оказание неотложной медицинской помощи организовано круглосуточно. Лазарет представлен двухместными палатами, отдельно имеется изолятор с санитарным блоком на одну инфекцию.
Оказание специализированной медицинской помощи личному составу осуществляется на базе Федерального государственного бюджетного учреждения здравоохранения «Клиническая больница № 51 Федерального медико-биологического агентства России».
